Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Savigny dépendait du diocèse de Sens et de la province d'Île-de-France. Elle relevait immédiatement du bailliage de Courtenay et de l’élection de Nemours.

En 1790, érigée en commune, Savigny est rattachée au district de Sens et au canton d’Égriselles-le-Bocage. À partir de 1801, la commune dépend de l'arrondissement de Sens et du canton de Saint-Valérien. Depuis 2015, elle relève du canton du Gâtinais-en-Bourgogne.

Dépôts de 1974, du 22 septembre 1982 et du 4 février 2013

Archives déposées de la commune de Savigny-sur-Clairis en application de l'article L 212-11 du Code du Patrimoine.

Classement réalisé en application de l'arrêté interministériel du 31 décembre 1926 portant règlement et cadre de classement des archives communales. 

Documents communicables en application des articles 213-1 et suivants du Code du patrimoine et de l'arrêté du président du Conseil départemental du 12 juillet 2017 portant règlement de la salle de lecture des archives de l'Yonne.