La notion d’archives publiques, conçues comme une garantie essentielle des droits et libertés des citoyens et comme un outil de contrôle de la bonne marche de l'administration, naît sous la Révolution.

Dans les départements, c’est la loi du 5 brumaire an V (26 octobre 1796) qui fonde les archives départementales, afin de rassembler au chef lieu de chaque département les fonds des administrations supprimées et ceux qui justifient des droits de la République sur les biens nationalisés (archives ecclésiastiques, archives d’émigrés), qui avaient été dans un premier temps regroupés aux chefs-lieux de districts.

Elles sont dès lors chargées de collecter et de conserver les documents produits par les différentes structures administratives actives dans le département (administrations de la période révolutionnaire puis préfecture, conseil général, administrations et établissements publics qui en dépendent, juridictions). Leurs archives leur sont réglementairement confiés, passés une certaine date, ainsi que les minutes et répertoires des officiers publics et ministériels (dont les notaires ) et les archives des communes de moins de 2 000 habitants.

Des documents d’origine privée viennent régulièrement enrichir les collections par voie de dons, de legs, d’achats ou de dépôts.

Les lois de décentralisation de 1982 ont placé les archives départementales, jusqu'alors service déconcentré de l'État, sous l’autorité des présidents de conseils généraux.

Dans l'Yonne, les archives départementales ont connu depuis leur fondation différentes localisations.

Installées à leur origine dans l’ancien palais épiscopal (où elles côtoient l'administration départementale puis le préfet), elles sont installées en 1833 dans l’ancien bâtiment du district d’Auxerre (ancien hôtel de l’official de l’évêque). En 1913, elles déménagent rue Cochois (actuelle annexe de la préfecture), avant d’investir en 1966 le bâtiment spécialement construit à leur intention au 37 de la rue Saint-Germain , où elles se trouvent aujourd’hui.

Les documents qu’elles conservent ont eux aussi voyagé : les archives du bailliage de Sens (1^er , 2^e et 3^e suppléments de la série B) étaient conservées jusqu’en 1942 à la bibliothèque municipale de Sens ; le "fonds sénonais" des archives du clergé régulier (articles H 1 à H 81) est également demeuré à Sens, dans l'annexe des archives départementales, jusqu’en 1957.