Entre 2016 et 2019, les fusions de communes pour créer des communes nouvelles ont porté le nombre de communes de l'Yonne à 423 contre 455 en 2015. La carte prend en compte ces communes nouvelles ; la fiche d'identité de la commune donne des liens pour accéder aux anciennes communes.

Composition des nouvelles communes

• Charny-Orée-de-Puisaye : Chambeugle, Charny, Chêne-Arnoult, Chevillon, Dicy, Fontenouilles, Grandchamp, Malicorne, Marchais-Béton, Perreux, Prunoy, Saint-Denis-sur-Ouanne, Saint-Martin-sur-Ouanne, Villefranche
• Deux-Rivières : Accolay, Cravant
• Guillon-Terre-Plaine : Cisery, Guillon, Sceaux, Trévilly, Vignes
• Le Val-d’Ocre : Saint-Aubin-Château-Neuf, Saint-Martin-sur-Ocre
• Les Hauts-de-Forterre : Fontenailles, Molesmes, Taingy
• Les Vallées-de-la-Vanne : Chigy, Theil-sur-Vanne, Vareilles
• Montholon : Aillant-sur-Tholon, Champvallon, Villiers-sur-Tholon, Volgré
• Sépeaux-Saint-Romain : Saint-Romain-le-Preux, Sépeaux
• Treigny-Perreuse-Sainte-Colombe : Perreuse, Sainte-Colombe-sur-Loing, Treigny
• Valravillon : Guerchy, Laduz , Neuilly, Villemer
• Vermenton : Sacy, Vermenton