Sous l'Ancien Régime, la paroisse d’Arcy-sur Cure dépendait du diocèse d’Auxerre, de la province de Bourgogne et était siège d’un bailliage ressortissant à celui d’Auxerre. Le fief, quant à lui, relevait du comté d’Auxerre.
En 1790, l’ancienne paroisse d’Arcy-sur-Cure est érigée en commune, elle est rattachée au district d’Auxerre et au canton de Vermenton. À partir de 1801, la commune dépend de l'arrondissement d’Auxerre et du canton de Vermenton. Depuis 2015, elle est rattachée au canton de Joux-la-Ville.