La loi du 28 pluviôse an VIII établit un tribunal de première instance dans chaque arrondissement, appelé aussi tribunal civil d’arrondissement. Il prend la suite du tribunal de district de la période révolutionnaire. Le tribunal civil de département et les tribunaux correctionnels sont supprimés. Les tribunaux de première instance héritent de leurs attributions et cumulent ainsi un rôle civil et un rôle correctionnel. Il existe un tribunal pour chaque arrondissement soit cinq pour le département de l’Yonne (Auxerre, Avallon, Joigny, Sens et Tonnerre) jusqu’en 1926.
La réorganisation intervenue à cette date (loi du 3 août et décret du 3 septembre 1926) maintient le tribunal de première instance d'Auxerre et supprime les autres tribunaux qui deviennent de simples sections judiciaires auprès desquelles est conservé pour chacune d’elle un greffe distinct.
Ce même tribunal est supprimé quatre ans plus tard (loi du 16 juillet et décrets des 10 et 27 septembre 1930), cédant la place à cinq nouveaux tribunaux de première instance appelés à fonctionner jusqu'en 1958. Lors de leur suppression les tribunaux de première instance sont remplacés par les tribunaux de grande instance.
Les fonds de ces juridictions, à la suite desquels ont été placés les documents résultant de l'activité d'autres juridictions dépourvues de greffes indépendants (tribunaux des enfants, tribunal des pensions, commissions puis tribunaux des loyers) comptent 6275 articles et constituent la partie la plus volumineuse des archives judiciaires modernes.

Documents consultables selon les lois, règlements et/ou dispositions en vigueur.

Conformément aux instructions officielles, les actes de l'état civil versés par les greffes de ces tribunaux sont placés en série E, et que les répertoires déposés par les notaires dans ces greffes se retrouvent en sous-série 8 U, où ils ont été classés à la suite des dossiers relatifs à ces officiers ministériels.