Le bailliage d'Auxerre est créé par démembrement de celui de Sens en 1371, ses limites correspondant au comté d'Auxerre et aux territoires compris entre la Loire, la Cure et l'Yonne. Devenu siège présidial en 1558, il a été supprimé en 1771 puis rétabli en 1776. Il est l'un des trois bailliages principaux du gouvernement général de Bourgogne qui sont du ressort du parlement de Paris et non de celui de Dijon. À ce bailliage ressortissent les prévôtés royales d'Auxerre, de Coulanges-sur-Yonne, de Mailly, de Montigny-le-Roi, de Saint-Georges et de Vermenton, le marquisat de Saint-Bris, le comté de Courson, les seigneuries de l'évêché, du chapitre de Saint-Étienne, des abbayes de Saint-Germain et Saint-Julien d'Auxerre, de la commanderie d'Auxerre, et de l'abbaye de Reigny, ainsi que les autre justices seigneuriales laïques et ecclésiastiques. En 1638, la création du présidial de Montargis modifie sa circonscription : les justices de Moutiers, Lavau, Bléneau et Villeneuve-les-Genêts en sont distraites.

En 1789, lors de la convocation des États-généraux, les paroisses suivantes dépendaient du bailliage d'Auxerre : Accolay, Andryes, Annay, Appoigny, Arcy-sur-Cure, Argenou, Arquian, Asnières-sous-Bois, Asquins, Augy, Auxerre, Bailly, Bassou, Bazarnes, Beaumont, Beauvoir, Bessy-sur-Cure, Billy, Bitry, Blannay, Bleigny-le-Carreau, Bois-d'Arcy, Branches, Breugnon, Brosses, Chamoux, Champlemy, Champs-sur-Yonne, Charbuy, Charentenay, Charmoy, Chassy, Chastenay, Chastenay-le-Bas, Châtel-Censoir, Chemilly-sur-Yonne, Chevannes, Chichery, Chitry, Coulangeron, Coulanges-la-Vineuse, Coulanges-sur-Yonne, Courson-les-Carrières, Crain, Cravant, Cuissy-lès-Ouanne, Dampierre-sous-Bouhy, Diges, Dracy, Druyes-les-Belles-Fontaines, Égleny, Épineau-les-Voves, Escamps, Escolives-Sainte-Camille, Étais-la-Sauvin, Festigny, Fleury-la-Vallée, Fontaines, Fontenailles, Fontenay-sous-Fouronnes, Fontenoy, Fouronnes, Givry, Gurgy, Goix, Gy-l'Évêque, Héry, Irancy, Jussy, La Chapelle-Saint-André, La Villotte, Lain, Lainsecq, Lalande, Leugny, Levis, Lindry, Lucy-sur-Cure, Lucy-sur-Yonne, Mailly-la-Ville, Mailly-le-Château, Merry-la-Vallée, Menestreau, Menou, Merry-Sec, Merry-sur-Yonne, Migé, Molesme, Monéteau, Montigny-la-Resle, Montillot, Mouffy, Moulins-sur-Ouanne, Oisy, Ouanne, Oudan, Perigny-la-Rose, Parly, Perreuse, Perrigny, Poilly-sur-Tholon, Pourrain, Précy-sur-Vrin, Prégilbert, Quenne, Rouvray, Sacy, Sainpuits, Saint-Andelain, Saint-Bris-le-Vineux, Saint-Cyr-les-Entrains, Saint-Cyr-les-Colons, Sainte-Colombe-sur-Loing, Sainte-Pallaye, Saint-Georges-sur-Baulche, Saint-Martin-du-Pré, Saint-Martin-sur-Ocre, Saint-Maurice, Saint-Maurice-le-Vieil, Saint-Maurice-Thizouaille, Saint-Moré, Saint-Père, Saints, Saint-Sauveur-en-Puisaye, Sementron, Sery, Sougères-en-Puisaye, Sougères-sur-Sinotte, Taingy, Thury, Toucy, Treigny, Trucy-sur-Yonne, Val-de-Mercy, Vallan, Vaux, Venoy, Vermenton, Vézelay, Villefargeau, Villemer, Villeneuve-Saint-Salve, Vincelles, Vincelottes, Voutenay-sur-Cure.

1 B 394-399, 601-628 : versements de l'administration judiciaire aux XVIIIe, XIXe et XXe siècles ; 1 B 600 : réintégration du 1er juillet 2014.