La gestion comptable mais également le fonctionnement des fabriques sont soumis à un double contrôle exercé à la fois par les services de l’archevêché et ceux de la préfecture dans des conditions quasiment identiques, à la différence près que l’archevêque ne dispose pas de pouvoirs de contrainte et de poursuite sur les fabriciens. La première désignation, puis le renouvellement des membres des conseils de fabrique doivent être validés à la fois par le diocèse et la préfecture. Sur demande de l'archevêque, le préfet peut révoquer un conseil de fabrique pour défaut de présentation du budget ou de reddition des comptes, lorsque le conseil, mis en demeure de s'acquitter de ce devoir, a refusé ou négligé de le faire ou pour toute autre cause grave. Par ailleurs, les biens des fabriques ne peuvent être acquis, aliénés, échangés ou loués sans une délibération du conseil de fabrique approuvée par décret en Conseil d'État, après avis de l’archevêque et du préfet. Outre le contrôle du fonctionnement de la fabrique exerce conjointement par l’archevêché et la préfecture dès 1809, la loi de finance du 26 janvier 1892, complétée par le décret du 27 mars 1893, soumet la comptabilité des fabriques d’église aux règles de la comptabilité publique, en les astreignant à la vérification et à l’apurement de leurs comptes par le conseil de préfecture.