Les protocoles consistent en la minute ou le brouillon des actes établis par les notaires ; bien souvent ils se présentent sous la forme de cahiers reliés entre eux sur lesquels les actes préparatoires à l'établissement des minutes sont inscrits par ordre chronologique.
L'édit de Villers-Cotterêts (1539) substitue à ces protocoles des registres de minutes (il s'agit des originaux) dans lesquels les actes doivent être rédigés en français et insérés in extenso, suivis du seing du notaire ; l'usage du registre de protocole subsiste toutefois parallèlement à celui des minutes.
Auxerre : Bourdin, Jean (1493-1498), Armant, Michel (1504-1528), Armant, Crespin (1530-1547), Armant, Pierre (1560-1593), Fauchot, Pierre (1513-1536), Faulchot, François (1541-1545), Masle, Jean (1481-1491), Rousse, Germain (1590-1636).
Augy : Courcelles (1702-1743).
Avallon : Soliveau (1498-1530).
Chastellux-sur-Cure : Aillon (1541-1553), Guérin (1592-1603), Dupont (1651-1691).
Époisses : Limbert, Georges (1558-1565).
Marigny-l'Église : Baron, Simon (1508-1543), Bourdillat (1582-1585).
Quarré-les-Tombes : Verbois (1538-1556).
Saint-Bris-le-Vineux : Servignien (1652-1665).
Saint-Germain-des-Champs : Chevillette (1524-1534), Gaultot (1525-1545), Jossier (1579-1613).
Saint-Fargeau : Montreuillon (1501-1560), Naullet (1702-1731).
Sens : Cellier (1571).
Tanlay : Dudeffand (1590-1630).
Villeneuve-l'Archevêque : Dauge (1563-1595).
Villeneuve-sur-Yonne : Lebreton (1629-1657), Deliens (1649-1684).
Compagnie des notaires d'Avallon : comptes de la bourse (1772-1784).
Tabellionnage de Sens : actes de vente de l'office (1544-1717).
