Sous l'Ancien Régime la paroisse de Villebougis dépendait du diocèse de Sens, de la province d'Île-de-France et du bailliage de Nailly.
En 1790, érigée en commune, Villebougis relève du canton de Chéroy et du district de Sens. A partir de 1801, elle est rattachée à l'arrondissement de Sens.