Sous l'Ancien régime, Cusy est un hameau dépendant de la paroisse d'Ancy-le-Franc. En 1790, érigée en commune, Cusy est rattachée au canton d'Ancy-le-Franc et au district de Tonnerre. A partir de 1801, elle dépend de l'arrondissement de Tonnerre, avant d'être rattachée à celui d'Avallon en 1926. Depuis le 1er janvier 1973, Cusy est une commune associée d'Ancy-le-Franc.
