La réglementation en matière de circulation automobile démarre avec la promulgation du décret du 10 mars 1899, qui instaure un certificat de capacité pour la conduite : « Nul ne pourra conduire un automobile s'il n'est porteur d'un certificat de capacité délivré par le préfet de département de sa résidence sur l'avis favorable du service des Mines ». Ce certificat disparaît avec le création du Code de la route, promulgué le 31 décembre 1922, au profit du permis de conduire, lui même délivré par la Préfecture.
Le système d'immatriculation français, quant à lui, est officiellement créé par le décret du 11 septembre 1901. C'est le service des Mines qui s'occupe alors de la délivrance des numéros de plaques, ce qui est à l'origine du terme plaque minéralogique.
A cette date le département de l'Yonne est rattaché à « l'arrondissement minéralogique » de Châlon-sur-Saône, dont le ressort géographique contient les départements de la Côte-d'Or, de la Saône-et-Loire, du Jura et du Doubs.
L’identifiant de cet arrondissement est la lettre C, qui est associée à un numéro attribué en série continue à l’ensemble des départements. Ce qui explique que les immatriculations de cette période dans l’Yonne peuvent connaître d’importantes interruptions numériques qui portent à croire à des lacunes.
En 1919, suite à la Première Guerre mondiale, les arrondissements minéralogiques sont remaniés. Le département de l’Yonne est alors rattaché à l’arrondissement de Rouen, connu aussi sous le nom d’arrondissement de Versailles. Le système de numérotation est désormais propre à l’Yonne, qui obtient les numéros Y 7 (1921-1922), Y 9 (1922), Z 4 (1922-1925), Y 97 à 99 (1925-1926), Z 97 à 99 (1926-1927), puis Z 94 à 95 (1927-1928).
Devant le nombre croissant de demandes de nouvelles règles d’immatriculations sont établies par la circulaire ministérielle du 30 avril 1928, qui devient effective à partir du 1 octobre 1928. À cette date la notion d’arrondissement minéralogique disparaît. C’est la préfecture, qui s’occupe déjà des déclarations de véhicules et des permis, qui va gérer les attributions d’immatriculation. Le département de l’Yonne se voit octroyer les lettres ZU, les numéros sont ensuite affectés en série continue, de 1 à 9999, une fois le dernier numéro de cette série alloué l’identifiant ZU devient ZU 1 et l’attribution continue de 1 jusqu’à 9999.
Ce système va perdurer jusqu’à sa réforme en 1950.
