Le décret impérial du 9 avril 1811 définit le statut des bâtiments départementaux et le périmètre d'action des services départementaux en la matière. Il concède aux départements (ainsi qu'aux communes et arrondissements) la pleine propriété des immeubles abritant les services de l'administration ainsi que les cours et tribunaux, à charge pour eux d'acquitter les contributions assises sur ces édifices et de supporter les dépenses d'entretien et de réparation.
Ainsi sont transférés par l’État au département de l’Yonne, les palais de justice ainsi que les prisons d’Auxerre et d’Avallon, une partie du palais archiépiscopal de Sens (palais de justice et prison), les casernes de gendarmerie d’’Auxerre (installée au couvent des Bernardines), de Vézelay (immeuble acquis par la ville en 1734) et de Tonnerre (acquis par la ville en 1780 ).
Les biens propres du département sont :
- la préfecture (palais épiscopal d’Auxerre)
- le palais de justice de Sens (ancien siège du bailliage présidial racheté en 1827)
- le palais de justice de Joigny (cédé par la commune au département en 1822) et ses prisons
- le palais de justice et les prisons de Tonnerre
- l’hôpital général acquis par le département en 1813
Au cours du XIXe siècle, des immeubles sont loués par le département, essentiellement pour l’établissement des sous-préfectures mais aussi des gendarmeries et des dépôts de sûreté.
Entre 1854 et 1864, les bâtiments des sous-préfectures d’Avallon, Joigny, Sens et Tonnerre sont achetés par le département.
Pour répondre à des besoins spécifiques, des établissements de sûreté, de soins et d’enseignement font l’objet de constructions neuves, jusqu’à la première moitié du XXe siècle. C’est plus particulièrement le cas à à Auxerre où sont construits la gendarmerie à cheval, le pénitencier, l’asile d’aliéné, le palais de justice, les écoles normales d’institutrices et d’instituteurs, l’établissement départemental d’assistance.
Le Conseil général et la Commission départementale instituée à partir de La loi du 10 août 1871 jouent un rôle prépondérant dans la gestion de ce patrimoine .
Les représentants départementaux statuent sur les projets, plans et devis de tous les travaux à exécuter sur les fonds départementaux. Ils prennent des délibérations au sujet des acquisitions, aliénations, baux et échanges de bâtiments qui concernent le département. Ils votent les fonds nécessaires à l'achat, à l'entretien et au renouvellement du mobilier.
L’architecte départemental et le conseil départemental des bâtiments civils
Les projets architecturaux portant sur les bâtiments départementaux mais aussi des communes sont établis par l'architecte départemental. Ils sont soumis au Conseil départemental des bâtiments civils créé par l’arrêté préfectoral du 26 mars 1833 et réorganisé par un second arrêté du 18 novembre 1857. Le Conseil, composé de 6 à 7 membres nommés par le Préfet donne son avis sur l’utilité des travaux, sur la convenance des projets. Il vérifie les décomptes des travaux en cours d’exécution (registre des délibérations de 1857 à 1899).
