La date exacte de la fondation de l'abbaye des Escharlis n'est pas connue avec certitude ; selon toute vraisemblance, elle se situe à la fin du premier quart du XIIe siècle. La communauté monastique demande rapidement son affiliation à l'ordre de Cîteaux, et devient la première fille de Fontenay, issue de la branche de Clairvaux.
Le site primitif de l'implantation est donné par le seigneur de la Ferté-Loupière, mais, face à des problèmes réguliers d'alimentation en eau et à un fort accroissement du nombre de moines, la communauté décide, vers 1136, de transférer ses bâtiments à plusieurs centaines de mètres, à proximité d'une source : le site d'origine n'est pas pour autant abandonné, il devient la grange des Vieux-Escharlis.
Le temporel augmente régulièrement au gré des donations de la noblesse locale et de l'intervention des hauts dignitaires (comtes de Joigny et rois de France pour exemption et octroi de droits d'usages nécessaires au développement de l'économie monastique, papes pour la confirmation des biens et la mise sous protection), malgré les conflits incessants avec les descendants du seigneur de la Ferte-Loupière, qui remettent en cause le déplacement de l'abbaye.
À la fin du XIIe et au début du XIIIe siècles, la prospérité de l'établissement est telle que l'abbé entreprend la fondation d'un établissement en Irlande, sans toutefois en référer ni à son abbé-père ni au Chapitre général de l'ordre, ce qui entraîne sa déposition en 1203.
Comme de nombreux établissements ecclésiastiques, l'abbaye est mise à mal par les ravages de la guerre de Cent-Ans : ses bâtiments sont dévastés et les moines se réfugient, entre 1350 et 1366, à Villeneuve-sur-Yonne, dans l'une de leurs propriétés. L'ampleur des dégâts est telle que les travaux de réhabilitation se prolongent jusqu'au milieu du XVIe siècle, époque du déclenchement des guerres de Religion. L'abbaye est à nouveau le siège de multiples dévastations commises par les troupes de Condé en 1652.
Malgré les efforts conjugués de la communauté monastique et de l'abbé commendataire, les lourds travaux de reconstruction ne peuvent être menés à leur fin avant la sécularisation des biens du clergé de 1790. Les moines sont expulsés le 23 janvier 1791 et l'abbaye vendue au titre des biens nationaux le mois suivant.
