Le prieuré de Vausse est l’un des premiers établissements ecclésiastiques fondés par des moines provenant du grand-prieuré du Val-des-Choux, établi sur le territoire de Villiers-le-Duc.
La date exacte de sa fondation est inconnue ; elle a sans doute lieu à l’extrême fin du XIIe s. ou au tout début du XIIIe s. et se fait à l’initiative d’Anséric V, seigneur de Montréal (vers 1170-avant 1223). Il concède alors aux moines un lieu isolé, solitaire et propice au travail et à la médiation, respectant ainsi les principes de l’ordre naissant pour y installer leur communauté. Ces terres ainsi données en pure aumône sont localisées au lieu-dit de Vaulces ou Le Vaux, sur le territoire de l’actuelle commune de Châtel-Gérard.
Dès sa fondation, le prieuré semble déjà porter le double vocable de Saint-Denis et Notre-Dame de Vausse.
Comme ceux du grand-prieuré, les religieux de Vausse sont soumis aux règles d’un nouvel ordre monastique, dont les principes de vie sont consacrés par la bulle pontificale du 11 février 1205, puis régulièrement aménagés par des décisions du chapitre général de l’ordre. De l’ordre cistercien, ils tirent l’organisation des offices quotidiens, des repas en commun, et du travail, bien qu’il soit précisé que les religieux vivront de leurs revenus et non de leur travail comme les moines de Cîteaux ; en revanche, le titre de prieur, porté par le supérieur de maisons qui ne seront jamais érigées en abbayes, ainsi que la présence au sein du prieuré de cellules, dans lesquels les moines se retirent pendant une partie de la journée, sont totalement empruntés à l’institution des chartreux.
La subsistance de la communauté étant assurée par les revenus annuels de ses propriétés et par l’exploitation directe de certaines terres suite au défrichage des sols forestiers, le nombre de religieux au sein de la communauté de Vausse a toujours été assez faible. Il est estimé à 21 lors de sa fondation tandis qu’il est réduit à cinq au XVIe s.
Peu de sources documentent l’histoire bâtimentaire du prieuré. Aucune information ne subsiste permettant de connaître la nature des bâtiments édifiés depuis l’installation de la communauté. La présence, dans l’église prieurale, des pierres tombales d’Anséric V, le fondateur, et de Nicole de Vergy son épouse, décédés tout deux autour de 1225, atteste de sa construction à cette époque.
La première documentation écrite apparaît à la fin du XVe s. à l’occasion d’une campagne de travaux qui voit la réparation de certains vitraux de l’église et l’édification d’un nouveau cloître, dont la construction s’étalera entre 1490 et 1550. Il est nécessaire d’attendre le milieu du XVIIIe s. et les conséquences d’un violent incendie, qui détruit l’aile orientale des bâtiments monastiques, pour disposer de procès-verbaux de visite réalisés par des ingénieurs et permettant de cerner les conditions de vie antérieures.
Outre les bâtiments monastiques, le prieuré dispose d’un ensemble important de propriétés issues des donations de son fondateur, mais également des ducs de Bourgogne et d’autres seigneurs locaux. Au XVIe s., ces possessions, telles qu’elles apparaissent dans les états annuels des revenus de la communauté, s’étendent sur plus de 40 localités situées dans les actuels départements de l’Yonne et de la Côte-d’Or, dont celles de Moulins-en-Tonnerrois, Fulvy, Nuits, Sarry, Soulangy, Pasilly, Châtel-Gérard, Étivey et Sanvigne, Anstrude et Chevigny, Vassy, Pisy, Marmeaux, Époisses, Torcy, Guillon, Civry, L’Isle-sous-Montréal, Saint-Andre-en-Terre-Plaine, Savigny-en-Terre-Plaine, Blacy, Vieux-Château, Trévilly, Cisery et Thizy. Dans certains cas, la propriété ne se compose que de quelques pièces de terre ou de droits seigneuriaux, mais le prieuré dispose également d’importants domaines agricoles nommés la métairie des Rameaux (ou grange des Rameaux), et la métairie de Vausse donnés par Anséric V et situés sur le territoire de Châtel-Gérard.
La prospérité économique du prieuré semble effective lors des premiers siècles de son existence. Cependant, tout comme pour le grand-prieuré, chef d’ordre, le XVIe s. bouleverse l’histoire du prieuré de Vausse. La crise des vocations religieuses qui se caractérise par une baisse considérable du nombre des religieux au sein des communautés, associée à l’arrivée de la commande dans les prieurés de l’ordre, entraînent son déclin progressif. Le dernier moine quitte le prieuré en 1763 laissant les bâtiments à l’abandon.
En application de la loi du 2 novembre 1789, l’ensemble des biens bâtis et non-bâtis du prieuré de Vausse est mis à disposition de la nation. Les bâtiments ecclésiastiques sont vendus entre le 14 mai et le 27 septembre 1791 ; la vente des autres biens se poursuit jusqu’en mai 1792. Les adjudications de 1791 marquent un tournant dans l’histoire de Vausse tout en permettant la conservation de son église prieurale et de son cloître : une page se tourne et le lieu devient alors faïencerie.